電子証明書の発行方法とは マイナンバーカードの電子証明書の必要性も解説

イメージ:電子証明書の発行方法とは マイナンバーカードの電子証明書の必要性も解説
更新日
2026-03-04

「電子証明書の発行方法とは」

「マイナンバーカードを申請する際の「発行希望有無」はどちらを選択すればよい?」と疑問に感じていませんか。

電子証明書は書面による申請でも発行できますが、オンライン上での申請でも発行可能です。オンラインの方が簡単に申請できますので、オンラインによる発行方法を理解して実施しましょう。

また、マイナンバーカードに電子証明書が付与されていることで、確定申告での利用やコンビニでの証明書の発行など利便性が高く生活ができますので、電子証明書は必ず付与するようにしてください。

当記事では、電子証明書の概要、電子証明書の発行方法、マイナンバーカードに電子証明書を付与するべき理由までご紹介します。電子証明書の発行方法について理解できる内容になっていますので、ぜひ最後までお読みください。電子証明書は本人性を証明するために必要です

1.電子証明書は本人性を証明する

イメージ:電子証明書は本人性を証明する

電子証明書は書面における印鑑証明のような役割を果たします。電子証明書によって本人性が証明された電子署名を電子文書に付与することで、押印付きの書面と同様に電子署名法3条により真正性を証明することが可能です。

1-1.電子証明書を利用することで行政手続きの効率化が可能

この本人性を証明する電子証明書を利用することで、以下のような行政手続きをオンライン上で実施可能になります。

  • 商業登記や法人登記などの登記申請手続き
  • e-taxを利用した確定申告手続き
  • eLtaxを利用した地方税電子申告手続き
  • 社会保険・労働保険関係手続き
  • 特許のインターネット出願 など


上記はあくまで一例であり、このほかにもオンライン上で申請が可能になる手続きはいくつかあります。オンライン手続きによる申請の方が素早く、確実に、隙間時間に可能ですので、ぜひ電子証明書を活用した行政手続きを検討ください。

1-2.電子証明書には法的に5年間の有効期限がある点に注意

行政手続きを効率化する電子証明書の活用ですが、電子証明書には有効期限がある点に注意が必要です。電子署名法施行規則6条4項には、電子証明書の有効期限として5年が記載されています。

ただし、一般的には2-3年の有効期限が設定されることが多いようですので、利用予定のサービスを事前に確認しておきましょう。

2.発行方法

イメージ:発行方法

電子証明書を発行する方法は以下の2通りがあります。

  • 書面で申請する場合
  • オンラインで申請する場合

2-1.書面で申請する場合

書面で電子証明書を発行する場合、例えば以下のような申請用フォーマットに必要事項を記入します。以下は商業登記申請の際に必要な電子証明書の申請フォーマットです。


参照:電子証明書の発行申請書の様式:法務局 (moj.go.jp)


申請書を作成したうえで、登記所に提出した代表者の印鑑で押印後、自社を管轄する登記所に申請書を提出してください。申請書を提出後、電子証明書の有効期限に応じて、手数料を支払えば手続きは完了です。

2-2.オンラインで申請する場合

書面による電子証明書の発行は可能ですが、都度登記所に行く手間がかかる点に課題があります。この点、実はオンラインにより電子証明書の発行ができるため、オンライン発行がおすすめです。

オンラインで商業登記電子証明書を発行する流れ例は以下の通りです。

  • 事前準備
  • 申請書類の作成
  • 電子証明書の発行申請・ダウンロード

事前準備

法務省が提供している電子署名書を取得するための専用ソフト「商業登記電子認証ソフト」を以下よりダウンロードしてください。


参照:法務省:「商業登記電子認証ソフト」のダウンロード (moj.go.jp)


また、オンライン申請を行う場合には以下の「申請用総合ソフト」のダウンロードも必要です。


参照:https://www.moj.go.jp/MINJI/minji06_00086.html


加えて、商業登記電子証明書の発行をオンライン申請する場合、事前に申請書情報および添付情報に電子署名を付与する必要があるため、以下いずれかの電子証明書を準備しておく必要があります。以下は申請者本人による申請の場合です。

  • 商業登記電子証明書
  • 公的個人認証サービス電子証明書
  • 特定認証業務電子証明書

申請書類の作成

専用ソフトをダウンロード後、電子証明書発行申請に必要なファイルを作成します。電子証明書の発行申請をするためには以下2つのファイルの作成が必要です。

  • 鍵ペアファイル
  • 証明書発行申請ファイル


上記のファイルは「商業登記電子認証ソフト」上で各種必要な情報を入力することで、取得が可能です。入力が必要な情報として以下があります。

  • (1)商号又は名称、(3)本店又は主たる事務所、(4)被証明者の氏名、(6)被証明者の資格
  • (7)電子証明書の有効期間
  • (8)電子証明書の鍵長
  • (9)鍵ペアファイルパスワード、鍵ペアファイルパスワード(確認用)
  • (10)電子証明書の使用休止届出用暗証コード、電子証明書の使用休止届出用暗証コード(確認用)
  • (11)証明書発行申請ファイルの保存先、鍵ペアファイル及び発行申請書・委任状ファイルの保存先


以下の項目については任意入力を求められます。

  • (2)商号又は名称の表音・略称等、(5)被証明者の氏名の表音

電子証明書の発行申請・ダウンロード

申請者本人が申請をする場合、申請書総合ソフト上に申請書情報を入力し、必要なファイルを添付後、登記オンラインシステムに送信します。

申請後、申請者は省統合機電子認証ソフト上からオンライン上で電子証明書をダウンロードできます。

2-3.電子証明書の発行申請をしたら手数料を支払おう

申請書総合ソフト上から申請を完了した後、電子証明書の有効期限に合わせて手数料を支払う必要があります。有効期限に応じた手数料は以下の通りです。

証明期間

3か月

6か月

9か月

12か月

15か月

18か月

21か月

24か月

27か月

手数料

1,300円

2,300円

3,300円

4,300円

5,300円

6,300円

7,300円

8,300円

9,300円


手数料の納付方法は現金以外にもインターネットバンキング、モバイルバンキング、または、電子納付対応のATMを利用することができます。オンラインで電子証明書を発行申請するのであれば、電子納付までを利用するとスムーズでしょう。

3.マイナンバーカードで「発行希望有無」は必ず「有」にしよう

イメージ:マイナンバーカードで「発行希望有無」は必ず「有」にしよう

マイナンバーカードを発行する際に電子証明書の発行の有無を選択する必要があります。この時、電子証明書を発行することを強く推奨しています。

3-1.電子証明書付きのマイナンバーカードがあると便利

電子証明書が付与されたマイナンバーカードを利用することで以下を実現することが可能です。

  • 住民票や戸籍謄本などの証明書をコンビニで取得できる
  • e-taxを利用した確定申告をオンライン上でできる
  • マイナポータルを活用して行政が保持する自身の情報を参照できる
  • 自治体ポイントをためられる など


特に住民票などの証明書をコンビニで発行できるメリットは大きいです。マイナンバーカードに電子証明書を付与するデメリットは特にありませんので、基本的に電子証明書は付与するようにしましょう。

3-2.電子証明書には有効期限があるので失効しないようにしよう

マイナンバーカードに付与される電子証明書にも有効期限が設定されています。有効期限は電子証明書を発行してから5回目の誕生日までです。

したがって、有効期限が切れる前に電子証明書の更新手続きをするようにしましょう。基本的に有効期限が切れる2-3か月前に通知書が届きますので、通知書を受け取ったら速やかに更新手続きを取るとよいです。

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4.まとめ 電子証明書を発行して業務効率化を期待しよう

イメージ:まとめ 電子証明書を発行して業務効率化を期待しよう

電子証明書を利用することで、企業実務だけではなく、個人のタスクも効率的に対応することができます。したがって、電子証明書はマイナンバーカードなど、何かしらの形式で保持するようにしておいてください。
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