インボイス制度後も免税事業者のままでいるメリット・デメリット5選【対応策3選も紹介】

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更新日
2026-01-28

2023年10月1日から、インボイス制度が開始されます。インボイス制度とは、複数の税率制度に対応する仕入税率控除の様式です。インボイス制度が導入されることにより、企業では新たな対応策が必要になります。

企業のなかでも特に影響を受けるのが、消費税の基準期間で売り上げ高が1,000万円以下の「免税事業者」だと言われています。そのため、インボイス制度が開始されても免税事業者のままでいいのか迷っているという担当者の方がいらっしゃるのではないでしょうか。

そこで今回の記事では、インボイス制度開始後も免税事業者のままでいるメリット・デメリットを解説します。デメリットへの対応策についても紹介しているので、ぜひ参考にしてください。

1.インボイス制度とは?免税事業者の定義も解説

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「インボイス制度とはどのような制度なのか」や「免税事業者が明確に分からない」という方がいらっしゃるのではないでしょうか。この章では、インボイス制度の概要と、免税事業者の定義について解説します。

1-1.インボイス制度の概要

インボイスは請求書の発行・交付や保存に関する制度で、軽減税率制度に対応するための仕入税額控除方式です。正式名称を「適格請求書等保存方式」と言い、国から仕入税額控除を受けるためには、適格請求書の発行・交付と保存が必要になります。

仕入税額控除とは、自社の売上から仕入の消費税額を差し引き、納付する税額を算出する仕組みです。この仕入税額控除を受けられるのは、適格請求書発行事業者が発行した「適格請求書」を保管している企業に限られます。

1-2.免税事業者の定義

免税事業者とは、消費税の国への納付が免除されている事業者です。消費税の基準となる期間で、課税対象の売り上げが1,000万円に満たない事業者であり、多くの個人事業主や小規模事業主が当てはまります。免税事業者と反対に、課税事業者は消費税を国へ納付する義務がある事業者です。

インボイス制度が始まると課税事業者は、適格請求書を発行・交付して保管する必要があります。一方で、免税事業者は適格請求書を発行することができず、保存する義務もありません。

2.インボイス制度開始後も免税事業者のままでいるメリット2選

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免税事業者は、適格請求書発行事業者に登録できないため、適格請求書(インボイス)を発行できません。一方で、インボイス制度開始後も免税事業者でいるメリットがあります。

  • ・消費税を納税しなくて良い
  • ・複雑な事務手続きを回避できる

この章では、課税事業者に変更しないメリットについて解説します。

2-1.消費税を納税しなくて良い

免税事業者を継続すると、これまで通り消費税を納税せずにいられます。課税事業者になると消費税を納税する必要があるため、利益として計上できていた額が減ることになります。また、一度課税事業者に登録すると2年間は免税事業者に戻れません。

インボイス制度後も、課税事業者にならず免税事業者を継続することは可能です。また、納税義務のない免税事業者のままでいると、消費税の確定申告を行う必要がないこともメリットでしょう。

2-2.複雑な事務手続きを回避できる

免税事業者は、適格請求書を発行するための複雑な事務手続きを回避できることもメリットの1つです。インボイス制度で適格請求書発行事業者になると、以下のような手続きや業務が発生します。

  • 消費税の計算
  • インボイス対応の新請求書書式への変更
  • 取引先からのインボイスの確認・保管方法の検討
  • 申告・納税の手続き
  • 従来の事務・運用手続きの変更

これまでの業務に消費税の計算や手続きなどが追加されることで、経理や事務担当者の負担が増加するでしょう。免税事業者のままでいると、従来の請求書で対応可能なので、複雑な業務に対応する必要はありません。

3.インボイス制度開始後も免税事業者のままでいるデメリット3選

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インボイス制度開始後も課税事業者に転向せず、免税事業者でいることのデメリットは、以下の3つです。

  • ・適格請求書が発行できない
  • ・取引が打ち切られる可能性がある
  • ・課税事業者の補助金や支援が受けられない

この章では、それぞれのデメリットについて詳しく解説します。免税事業者でいるか課税事業者に転向するか迷っている担当者の方は、ぜひ参考にしてください。

3-1.適格請求書が発行できない

インボイス制度に必要な適格請求書を発行するには、適格請求書発行事業者への申請・登録が必要です。免税事業者は適格請求書を発行できず、取引先が仕入控除を受けられません。しかし、買手側も免税事業者の場合は適格請求書を提出する必要がなくなります。

インボイス制度が開始される前に、取引先が免税事業者か課税事業者かを確認しておきましょう。また、インボイス制度開始後に新たな契約先を開拓する場合、適格請求書を発行できないことで取引できない可能性があることも考慮しておく必要があります。

3-2.取引が打ち切られる可能性がある

売手側が免税事業者の場合、買手側の課税事業者は免税事業者が受けた消費税額に対して仕入控除が受けられません。その場合、売手側が免除された消費税を買手側が肩代わりして納付する必要があります。買手側にとっては、消費税分を肩代わりすることで損失が生まれることになります。

そのため、取引先が消費税分を値下げするよう要求するかもしれません。また、代替の効く製品・サービスであれば、他の適格請求書発行事業者に取引先を変更される可能性もあるでしょう。

適格請求書を発行できないことで、取引先を失う危険性があります。ただし、買手側の課税事業者が簡易課税制度で消費税を計算している場合、適格請求書なしでも仕入税額控除を受けることが可能なため、取引は問題なく続けられるでしょう。

3-3.課税事業者の補助金や支援が受けられない

インボイス制度では、課税事業者に転向する事業者に対して負担を軽減するため、優遇措置や補助金が用意されています。しかし、免税事業者を継続することで、これらの優遇措置などの補助が受けられません。

免税事業者から課税事業者に変更した事業者が受けられる補助金制度は、以下の2種類です。補助金を受けられるのは、インボイス制度導入に際して課税事業者に変更した免税事業者に限られます。

  • ・IT導入補助金
  • ・2割特例

インボイスに対応するため課税事業者になると、消費税納付だけでなく事務処理の負担が増加します。「IT導入補助金」とは、事務処理の負担を軽減するため会計ソフトやハードウェアの導入を検討する際、購入資金を補助する制度です。また「2割特例」は、消費税納税額が売上税額の2割まで低減される制度で、インボイス制度開始から最長3年間利用できます。

課税事業者が取引先にあり、将来的に免税事業者から課税事業者に転向することを考えている方は、このような補助金などの支援があることを知っておくと良いでしょう。

4.インボイス制度には経過措置期間がある

イメージ:インボイス制度には経過措置期間がある

2023年10月1日から開始するインボイス制度ですが、完全移行までに6年間の経過措置が設けられています。経過措置とは、その法律を完全に変更するまでに期間をあけて、その間は新ルールの適用を一部免除し、移行をスムーズに進められるようにする施策です。

インボイス制度の経過措置は、免税事業者を取引先に持つ課税事業者への急激な負担を緩和するための措置です。以下の期間は、仕入税額相当額の控除が可能になります。

  • 令和5年10月1日〜令和8年9月30日:仕入税額相当額の80%
  • 令和8年10月1日〜令和11年9月30日:仕入税額相当額の50%

免税事業者のままでいるか課税事業者に転向するか迷っている事業者の方は、この期間にどちらを選ぶか決めると良いでしょう。

5.免税事業者のままでも大丈夫?インボイス制度への対応策3選

イメージ:免税事業者のままでも大丈夫?インボイス制度への対応策3選

インボイス制度が始まって、免税事業者のままでいると取引先から契約を打ち切られるなどのリスクがあります。そのため、免税事業者でいることを迷っている方もいらっしゃるでしょう。

この章ではインボイス制度への対応策について解説します。インボイス制度への対応策は、以下の3つです。

  • ・インボイスの交付義務から免除対象であるか確認する
  • ・業務内容を見直して代替不可の業者を目指す
  • ・適格請求書発行事業者への登録を検討する

それぞれの対応策について、詳しく見ていきましょう。

5-1.インボイスの交付義務から免除対象であるか確認する

適格請求書発行事業者の事業内容により、適格請求書の発行が困難な企業は、インボイスを交付しなくても良い場合があります。免除される特例に対応する業種は、以下の5つです。

  • 3万円未満の公共交通機関による旅客の運送(船舶・バス・鉄道など)
  • 出荷者が卸売市場で行う生鮮食料品等の販売・譲渡(出荷者から依頼された受託者が卸売業務として行うもの)
  • 農協や漁協などの生産者が依頼して行う農林水産物の販売・譲渡(無条件委託・共同計算方式により生産者を特定しない業務に限る)
  • 3万円未満の自販機・自動サービス機により行われる商品の販売
  • 郵便切手を対価とした貨物や郵便サービス(郵便ポストに出されたものに限る)

これらの業種に自社が該当しているか、確認しましょう。

5-2.業務内容を見直して代替不可の業者を目指す

自社の業務内容が、ほかでは代替不可の業務内容を持つ業種なら、免税事業者のままインボイス制度が導入されても契約を継続できる可能性があります。自社の業務内容を見直し、他社では取り替えのきかない技術を持っているなら、免税事業者を継続することを検討しても良いでしょう。

5-3.適格請求書発行事業者への登録を検討する

免税事業者でいることにより、契約解除による取引停止や消費税分の値引きを要求され不利益が出るケースがあります。その場合は、免税事業者から課税事業者への転向を検討するのも有効です。課税事業者に転向することで、買手側の取引先が消費税を肩代わりする懸念がなくなるため取引を継続できます。

適格請求書を発行できる事業者になるためには、課税事業者に転向したあと、適格請求書発行事業者への申請・登録が必要です。税務署での審査には時間がかかるため、インボイス制度の開始に間に合うよう余裕を持って申請しましょう。

6.免税事業者のままでいるか迷っている方は「5分でわかる!インボイス制度入門ガイドブック」をご覧ください

インボイス制度について「どのような制度かよく分からない」「企業はどのように対応するべきか」とお悩みの方がいらっしゃるかもしれません。そのような場合は、NTT東日本の「5分でわかる!インボイス制度入門ガイドブック」を参照ください。インボイス制度の概要や仕入税額控除の詳細について詳しく解説しているだけでなく、企業の対応策についても分かる内容となっています。

また、インボイス制度に対応した適格請求書の発行・電子帳簿保存法改正の施行による請求書の電子化を進めるなら「おまかせ はたラクサポート」を検討するのもおすすめです。各種クラウドサービスに一元サポートを提供しているため、初期設定や利用中のトラブル対応などのサポート体制が整っています。

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7.まとめ

イメージ:まとめ

インボイス制度とは、消費税の仕入控除を受けるための新しい制度です。インボイス制度が始まると、多くの個人事業主や小規模事業主に影響があります。免税事業者とは、消費税を納税する義務のない事業者です。インボイス制度開始後も免税事業者を継続することで、以下のような2点のメリットがあります。

  • ・消費税の納税が免除される
  • ・複雑な事務手続きを回避できる

また、一方で以下の3点のデメリットがあります。

  • ・適格請求書が発行できない
  • ・取引が打ち切られる可能性がある
  • ・課税事業者の優遇や補助金が受けられない

免税事業者の方のなかには、課税事業者へ転向するかそのまま免税事業者のままでいるか迷っているという方もいらっしゃるでしょう。メリットとデメリットを考慮しながら、どちらを選ぶか決定することをおすすめします。

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