義務化対応に間に合わなかった場合、食品衛生法の中では罰則について定められているわけではありませんが、「各都道府県知事に委ねる」といったことが記載されています。
つまり、食品衛生法の違反によって罰則の対象にならなくても、都道府県が条例によって罰則を設けていれば刑事罰に問われる可能性があるということです。
条例における罰則は、地方自治法にて定められており、「地方自治法　第十四条」によると、場合によっては2年以下の懲役もしくは100万円以下の罰金刑が課せられる可能性があるということです。

営業許可の取得にも影響か？

HACCPの義務化が始まる2020年以降は、営業許可を取得するときに「HACCPによる衛生管理が行われているか」ということが確認されることになるため、食品関連の事業を行ううえで保健所への届け出は避けて通れない道です。
未許可で営業を行えば、無許可営業の罪に問われて懲役刑・罰金刑の対象になります。
2021年まで猶予期間があるとはいえ、早め早めの対応をしておくに越したことはありませんので、この機会に一度衛生管理について見直してみてはいかがでしょうか。